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colleague は同じ会社で働く仲間のことだと思いますが、上司のことも colleage と呼ぶことが出来ますか？

colleague は、通常自分と同じ役職や業務を担う人に使われます。
そのため、上司に使うことは失礼になってしまいます。
あなたと同じランクの人々を指すために使用されます。
上司という場合は、boss や supervisor などその人の役職で呼ぶとナチュラルです。

My new colleagues used to work in a major company.
私の新しい同僚は、以前大手企業で働いていました。

It was an honor to work with such great colleagues.
このような素晴らしい仲間と一緒に仕事ができたことを光栄に思います。

The boss is in a bad mood.
上司は機嫌が悪い。

I have to get that confirmed with the supervisor.
私はそれを上司に確認しなくてはいけない。

「Watson and his colleagues won the Nobel Prize in Physiology or Medicine in 1962.」はどのように訳すと正解ですか？

his colleagues
– 彼の同僚（つまりワトソンの同僚たち）
win a prize
– 賞を受賞する、賞をとる

この2つを押さえておくといいでしょう。
訳は以下で発音と一緒に確認してください。

Watson and his colleagues won the Nobel Prize in Physiology or Medicine in 1962.
ワトソンと彼の同僚は、1962年にノーベル生理学医学賞を受賞した。

アメリカでは「先輩」ってなんて言うの？

アメリカでは、日本みたいに「先輩」を強調しません。
あえて言うとなると、次のようになります。

［会社・組織］
older colleague / older co-worker
（年上の同僚）
※ 上司は boss, superior と言う場合が多いです。

［学校］
older classmate / older schoolmate
（年上のクラスメイト）
※ 上級生は upper classmen と言う場合が多いです。

ただ、基本的には先輩後輩って言う概念がないので、Classmate, Schoolmate だけで表現する場合がほとんどだと覚えておくといいでしょう。

I only heard this from my older colleagues.
先輩にそう聞いただけだ

He’s my older classmate.
彼は先輩です